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发酵罐的控制系统主要是通过控制热工和生化参数，从而达到控制整个发酵罐的工艺参数的目的。发酵罐的控制系统大致经历了仪表控制、仪表+PLC控制（早期的逻辑控制）、PLC控制及其组成的DCS（分散）控制的发展过程。在整个发酵罐的工艺控制中，可分为模拟量控制、开关量控制及各参数的关联控制。发酵罐的控制参数可分为温度、压力、流量、搅拌转速、液位、pH值、溶氧量、排气O2和排气CO2、菌丝密度及CIP中的电导率等。

参数作用罐温会影响发酵过程中酶反应的速率及氧在培养液中的溶解度，其与菌体生长、抗生素合成及溶解氧都有密切关系。
罐温控制主要包括控制加热量与冷却量。其中，加热量是由工艺计算而得；冷却量是指在加热或灭菌后，且在规定的冷却时间下所需要的冷量。罐温控制装置由一个加热器和冷却水电磁阀组成，当发酵罐内温度低于（或高于）某个设定值时，系统将自动开启加热器（或冷却水电磁阀），以达到控制发酵罐温度的目的。
通过计算在规定的冷却时间下所需的冷量得出冷却量，通过计算在规定的加热时间下所需的热量得出加热量。通过焓值计算和换热速率，得出换热面积，也就是发酵罐的夹套或盘管的面积。通过对管路长度、介质压力及压力损失的计算，才能确定换热管的管径，进而确定控制阀的通径，控制阀通径是以培养温度的控制波动量为主要参数。若以培养温度的控制波动量为参数来计算，往往可设定60%～80%的开度为稳定值；若要兼顾灭菌升温时间，那么取值可以低些，此时培养温度控制波动量就会大些。
在带冷热夹套的温度控制系统中，如果上述工艺参数计算取值恰当，则参数控制相对精确，其中工艺参数可采用飞升曲线计算或经验法等方法获得。在兼顾培养和灭菌的罐温控制中，采用PID自动控制，其培养温度的波动控制范围在±0.1 ℃。其中，微分作用能提高动态响应速度，积分作用能有效消除静态误差，使环境温度不对罐温控制产生影响。当然，换热夹套的设计要尽可能薄，以减少温控滞后所带来的波动。
灭菌控制按照工艺与GMP要求，对发酵设备应当进行清洁、消毒或灭菌。发酵罐通常采用的灭菌方法是湿热灭菌。在灭菌温度控制中，先进的发酵罐的管路中往往用疏水隔膜阀来替代传统的疏水阀，但对所灭菌系统与蒸汽管路及阀门通径的设计有一定要求。在灭菌程序设计中，通蒸汽时间和疏水时间间隔应相匹配，在疏水隔膜阀打开的瞬间，其罐体压力几乎不变，且冷凝水被有效疏掉，此过程没有冷点出现。在灭菌温度控制中，应考虑升温曲线中的温度波动周期，一般设定为到达设定温度的1min后才正式计时，以满足湿热灭菌的F0值要求。

参数作用发酵罐维持正压既可以杜绝由于罐压为零时造成的染菌，还可增加氧在培养液中的溶解度，有利于菌的生长及合成。
压力控制发酵罐罐体和管路在发酵过程中都需一定的压力控制。在发酵培养期间，罐内压力基本可以保持恒定。然而，在灭菌降温的过程中，为避免负压吸入环境的非洁净空气以及负压可能将罐体吸瘪情况的发生，需要通入一定的空气保压。其中，降温过程中的压力影响是非控制参数，这时的压力是用进气阀控制。

参数作用空气流量作用：空气是给好气菌供氧的重要来源。搅拌转速作用：提高搅拌转速可以增加氧的溶解速度。
空气流量、搅拌转速控制发酵过程中，发酵罐的压力一般可以保持恒定，制约溶解氧浓度的因素有两个，即空气流量与搅拌转速。
DO值标定发酵液的DO值直接影响微生物的酶活性、代谢途径及产物产量，因此DO值标定十分重要。在灭菌升温过程中，当温度达到120 ℃后，DO电极零点的标定值就是溶氧标定的零点值；DO电极100%满度值的标定是指在正式发酵前，设定发酵初始温度、搅拌转速（最高）、通气量和罐压，以该初始状态下的溶氧作为溶氧标定。
 

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